耳鼻喉科的全名是耳鼻咽喉頭頸科，診治的範圍包括耳、鼻、咽喉、口腔、顱底、唾液腺和頸部，從常見的扁桃腺炎、中耳炎、鼻竇炎、聲帶息肉、暈眩到腫瘤、癌症如口腔癌、鼻咽癌、喉癌、下咽癌都是耳鼻喉專科治療的疾病。
輔大醫院耳鼻喉科採用最新的設備，包括高規格的各項聽力平衡檢查、鼻咽腔電子鏡、鼻竇內視鏡、高解析喉頻閃內視鏡、唾液腺內視鏡、手術顯微鏡、先進的導航手術系統、手術中神經監測儀、無線射頻手術儀、微創顯微削切刀，以下根據各個次專科來介紹。
耳科
從新生兒聽力篩檢以及聽損確診，嬰幼兒聽力檢查，外耳、中耳炎的藥物和手術，到突發性聽力損失和耳鳴的治療，以及老年性、噪音性聽力失聰的評估與鑑定，是本科致力發展的項目。本院備有兩間高標準規格純音聽力檢查室、聽性腦幹反應檢查室和平衡檢查室、耳科顯微鏡和內視鏡專用檢查室，提供微創中耳內視鏡及耳顯微手術、專業助聽器選配、暈眩檢查和治療。中耳植入器和人工電子耳，更是本科發展的目標。此外，新生兒先天性聽力障礙的次世代基因篩檢也會陸續加入我們的服務項目。
鼻科
慢性鼻竇炎和鼻息肉以內視鏡微創手術已是目前的標準治療，針對困難的個案，本科會搭配最新的影像導航系統以確保病患的手術安全和達到更完善的治療效果。另外針對慢性肥厚性鼻炎、鼻過敏及鼻中膈彎曲引起的上呼吸道阻塞，甚至是合併咽喉狹窄的睡眠呼吸中止症，我們都備有相關的檢查及手術評估與治療。另外，針對先天或創傷引起的外鼻變形，可在詳細評估和充分諮詢後執行功能性鼻整形手術，恢復生理功能及鼻部外觀。本科提供高階顱底手術針對鼻竇腫瘤、鼻竇癌症、腦下垂體腫瘤以及鼻內視鏡下微創鼻淚囊手術。
咽喉科
嗓音以及喉科疾患的診治在近幾年有了全新的發展。本科提供高解析度的電子式咽喉內視鏡以及喉頻閃內視鏡檢查，配有專業語言治療師給予詳細的音聲評估和語言吞嚥治療，此外，更具備各種音聲手術方式和技巧，從需要住院以及全身麻醉的喉顯微手術，到局部麻醉下執行的甲狀軟骨成型術，以及局部麻醉下內視鏡輔助下各類喉部注射或切除手術，讓患者有多樣的治療選擇，且在團隊的照護下，會有更精準的診斷與治療。
頭頸部腫瘤與頭頸癌
藉由詳細的理學檢查、內視鏡檢查，以及影像學檢查，本科可提供鼻腔、鼻咽、口腔、口咽、下咽、喉部各類良/惡性腫瘤的評估、藥物、手術治療，此外，本院頭頸癌團隊結合了整形外科、牙科、影像科、放射腫瘤與血液腫瘤的專科醫師、營養師、社工師、個管師等各專業醫護人員，以達最佳治療成果。
本科採用最新科技：窄頻光(NBI)，其具有偵測原位癌、發現早期癌症的優點，針對早期發現的癌症，本科使用內視鏡咽喉癌微創切除術(ELPS)，達到最好的療效，此手術同時具有保留較佳的吞嚥飲食、音聲功能的優點。
此外，與喉返神經關係密切的甲狀腺腫瘤、與顏面神經關係密切的唾液腺腫瘤手術，也能在本科團隊治療下，獲得妥善的術中神經監測，達到最好的治療和神經保護效果。
內視鏡唾液腺結石取出術
體內大的唾液腺如腮腺、下頜腺，和泌尿系統結石一樣，也是有唾液腺結石的疾病，以往因結石造成唾液腺發炎腫脹，需要手術切除唾液腺，自從有了非常精密的唾液腺內視鏡，它可深入微小的唾液腺管道，利用特殊設備，將結石震碎並取出，免去外科手術切除唾液腺之苦，保留唾液腺讓其恢復正常生理功能。